Bei Ausgrabungen im ersten Hof wurde 1897 die Krypta einer ursprünglichen Kapelle entdeckt, die der Burg und ihrem Dorf diente (Raum Nr. 10). Im Altar finden Forscher unter der Leitung des ersten Archäologen des Kantons Waadt, Albert Naef, die Fragmente eines Reliquiars. Das Gefäss selbst enthält eine Reliquie, ein kleines Stück Schulterblatt, das dem Heiligen Triphon, dem Schutzpatron der Krypta, zugeschrieben wird.

Das Reliquiar hat in den Augen der Forscher grosse Bedeutung. Um sie zu rekonstruieren, versuchen sie, die ursprüngliche Kapelle genauer zu datieren. Sie wurde im 13. Jahrhundert aufgegeben und zugeschüttet, als der Eingangsturm gebaut und im dritten Innenhof eine neue Kapelle geweiht wurde. Seit anfang des 20. Jahrhunderts wird auf dem ersten Schlosshof mit andersfarbigen Pflastersteinen gezeigt, wo sich die erste Kapelle des Schlosses befand.

1914 wurden drei Faksimiles des Behälters hergestellt, mit denen Montagehypothesen getestet wurden. Die Platten, aus denen sie bestehen, sind auf einer Holzstruktur befestigt, wie die Originalfragmente.

Die Form des Reliquiars und seine ornamentalen Motive liessen die Forscher das Reliquiar zuerst in der karolingischen Zeit verorten. Sie glaubten daher, dass die Kapelle und die Krypta aus der Zeit zwischen Ende des 9. Jahrhunderts und Beginn des 10. Jahrhunderts stammte. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wurde diese Schätzung jedoch revidiert. Heute nimmt man an, das Reliquiar stamme aus dem 11. oder 12. Jahrhundert, die Krypta selbst sei etwa zwei Jahrhunderte jünger als vorher angenommen. Das den Besuchenden heute im Schloss gezeigte Reliquiar ist eines der Faksimilien von 1914.

Diese Zeugen der Vergangenheit sind eine der wichtigsten Quellen für die Geschichte der Burg; sie zeigen das Ausmass des Geldumlaufs in Chillon und ganz allgemein auf der Via Francigena, dem Strassennetz, das von der Römerzeit bis zum Mittelalter Frankreich mit Italien verbindet.

Die entdeckten Münzen entsprechen in etwa mit der Geschichte des Hauses Savoyen im Waadtland; die erste Erwähnung des Schlosses geht auf das Jahr 1150 zurück, und die Münzserie beginnt mit einem Pfennig von Humbert II. von Savoyen (Graf von 1094 bis 1103). Albert Naef entdeckte auch viele Münzen, die in Fürstentümern oder Städten wie Asti, Paris, Lyon oder Marseille geprägt wurden. Sie zeigen, wie viel verschiedenes Geld an Chillon vorbeikam, diesem strategischen Ort zwischen Berg und See.

Mautgebühren, Märkte und Messen brachten dem Haus Savoyen erhebliche Vorteile. Die Gründung des Dorfes Villeneuve – der Neustadt von Chillon – durch Graf Thomas I. im Jahr 1214 resultierte aus dieser Strategie und der Notwendigkeit, die örtliche Maut, die zu hoch geworden war, um von der Burg aus verwaltet zu werden, einzutreiben. Die Stadt wurde schnell zu einer obligatorischen Durchgangsstation für die reichen italienischen Kaufleute, die zu den berühmten Messen in der Champagne gingen.

Neben der Entdeckung des Bergfrieds fand Albert Naef in mehreren anderen Teilen des Schlosses Münzsätze. Diese spiegeln meist die Aktivität des Ortes wider, an dem sie sich befanden, wie im Falle der fünfhundertsieben runden Kupferplatten, die aus dem Domus clericorum stammen; im „Haus der Schreiber“ befand sich das Verwaltungszentrum des Schloss Chillon.Die neun Savoyer Münzen, die von Ende des 11. bis Ende des 15. Jahrhunderts in Werkstätten in der Ferne geprägt wurden – Turin, Susa, Chambéry, Annecy, Cornavin, Bourg und Nyon – zeigen die starke geografische und politische Expansion des Hauses Savoyen im Mittelalter.

Diese Münzen, die vom Waadtänder Kantonalen Museum für Archäologie und Geschichte ausgeliehen wurden, waren vom 14. September 2018 bis am 28. April 2019 im Rahmen der Sonderausstellung Lecker! Essen und Trinken im Mittelalter im Schloss Chillon ausgestellt.

Bei archäologischen Ausgrabungen, die er Anfang des 20. Jahrhunderts im Schloss Chillon durchführte, entdeckte der waadtländische Archäologe Albert Naef die Fragmente zahlreicher Trinkgefässe. Die meisten von ihnen stammen aus dem Mittelalter.

Die gefundenen Fragmente bestehen aus verschiedenen Materialien, hauptsächlich jedoch aus Keramik. Einige typische Elemente – wie zum Beispiel die Form – ermöglichen es uns, sie auf das 13. Jahrhundert zu datieren. 1904 liess Albert Naef  aus mehreren Fragmenten einen Krug rekonstruieren. Er entdeckte auch Nuppenbecher, benannt nach den kleinen Scheiben, die in regelmässigen Abständen entlang des Glasfasses angebracht wurden. Diese Art von Trinkglas wurde in Ostfrankreich, Süddeutschland und der Schweiz zwischen dem Ende des 13. Jahrhunderts und dem Beginn des 14.

Jahrhunderts verwendet. Sie ersetzten die Krüge als Trinkgefässe und zeigten eine neue Entwicklung der Sitten: man will nun die Flüssigkeit vor dem Trinken sehen können. Diese eleganten Becher wurden im Laufe des 15. Jahrhunderts durch so genannte „Strangengläser“ ersetzt, um deren Fuss spiralförmig ein Glasstrang gewickelt ist.